Index

_

__delattr__() (bento_meta.entity.Entity method) __delitem__() (bento_meta.entity.CollValue method) __getattr__() (bento_meta.entity.Entity method) __getattribute__() (bento_meta.entity.Entity method) __getitem__() (bento_meta.entity.CollValue method) __setattr__() (bento_meta.entity.Entity method) (bento_meta.objects.ValueSet method) __setitem__() (bento_meta.entity.CollValue method) __str__() (bento_meta.util.makeq.Query method) _annotate_statements() (in module bento_meta.mdb.loaders) _c_entity() (in module bento_meta.mdb.loaders) _check_init() (bento_meta.entity.Entity method) _check_value() (bento_meta.entity.Entity method) _check_values_list() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) _commit (Entity.entity attribute) _create_statement() (bento_meta.util._engine._engine method) _engine (bento_meta.util.makeq.Query attribute) (class in bento_meta.util._engine) _from (Entity.entity attribute) _get_all_terms() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) _get_entity_count() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) _get_nlp_model() (in module bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools) _get_pattern_count() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method)

_get_property_parents_data() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) _get_property_synonyms_direct_as_list() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) _id (Entity.entity attribute) _mdb (bento_meta.model.Model attribute) _next (Entity.entity attribute) _parent (tag attribute) _parent_handle (property attribute) _prev (Entity.entity attribute) _process_edge() (bento_meta.util._engine._engine method) _process_func() (bento_meta.util._engine._engine method) _process_node() (bento_meta.util._engine._engine method) _process_prop() (bento_meta.util._engine._engine method) _prop_statements() (in module bento_meta.mdb.loaders) _quote_val() (bento_meta.object_map.ObjectMap class method) _set_declared_attr() (bento_meta.entity.Entity method) _tag_statements() (in module bento_meta.mdb.loaders) _to (Entity.entity attribute) _txfns (bento_meta.mdb.MDB attribute) (bento_meta.mdb.mdb.MDB attribute) _validate_entity_attribute() (bento_meta.mdb.mdb_tools.EntityValidator static method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.EntityValidator static method) _walk() (bento_meta.util._engine._engine method)

A

add() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) add_edge() (bento_meta.model.Model method) add_entity_to_mdb() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) add_node() (bento_meta.model.Model method) add_prop() (bento_meta.model.Model method) add_relationship_to_mdb() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) add_tag_to_mdb_entity() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) add_terms() (bento_meta.model.Model method) annotate() (bento_meta.model.Model method) annotations (bento_meta.objects.Edge property) (bento_meta.objects.Node property) (bento_meta.objects.Property property) ArgError assign_edge_end() (bento_meta.model.Model method)

attr_doc() (bento_meta.entity.Entity class method) attspec (bento_meta.entity.Entity attribute) attspec_ (bento_meta.entity.Entity attribute) (bento_meta.objects.Concept attribute) (bento_meta.objects.Edge attribute) (bento_meta.objects.Model attribute) (bento_meta.objects.Node attribute) (bento_meta.objects.Origin attribute) (bento_meta.objects.Predicate attribute) (bento_meta.objects.Property attribute) (bento_meta.objects.Tag attribute) (bento_meta.objects.Term attribute) (bento_meta.objects.ValueSet attribute) avail_funcs (in module bento_meta.util._engine) (in module bento_meta.util.makeq) available_indexes() (bento_meta.mdb.searchable.SearchableMDB method) (bento_meta.mdb.SearchableMDB method)

B

belongs (bento_meta.entity.Entity property) bento_meta module bento_meta.entity module bento_meta.mdb module bento_meta.mdb.loaders module bento_meta.mdb.mdb module bento_meta.mdb.mdb_tools module bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools module

bento_meta.mdb.searchable module bento_meta.mdb.writeable module bento_meta.model module bento_meta.object_map module bento_meta.objects module bento_meta.util module bento_meta.util._engine module bento_meta.util.makeq module

C

cache (bento_meta.object_map.ObjectMap attribute) (bento_meta.util.makeq.Query attribute) clear_cache() (bento_meta.object_map.ObjectMap class method) clear_removed_entities() (bento_meta.entity.Entity method) close() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) cls (bento_meta.object_map.ObjectMap attribute) cls_by_label() (bento_meta.object_map.ObjectMap class method)

CollValue (class in bento_meta.entity) Concept (built-in class) (class in bento_meta.objects) concept (edge attribute) (node attribute) (property attribute) (term attribute) contains() (bento_meta.model.Model method)

D

default() (bento_meta.entity.Entity class method) defaults (bento_meta.entity.Entity attribute) (bento_meta.objects.Edge attribute) (bento_meta.objects.Model attribute) (bento_meta.objects.Property attribute) delete() (bento_meta.entity.Entity method) desc (Entity.entity attribute) dget() (bento_meta.entity.Entity method) (bento_meta.model.Model method)

dirty (bento_meta.entity.Entity property) dput() (bento_meta.entity.Entity method) (bento_meta.model.Model method) driver (bento_meta.mdb.MDB attribute) (bento_meta.mdb.mdb.MDB attribute) drop() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) drv (bento_meta.model.Model property) dst (edge attribute) dup() (bento_meta.entity.Entity method)

E

Edge (built-in class) (class in bento_meta.objects) edges (bento_meta.model.Model attribute) edges_by() (bento_meta.model.Model method) edges_by_dst() (bento_meta.model.Model method) edges_by_src() (bento_meta.model.Model method) edges_by_type() (bento_meta.model.Model method) edges_in() (bento_meta.model.Model method)

edges_out() (bento_meta.model.Model method) Entity (built-in class) (class in bento_meta.entity) EntityValidator (class in bento_meta.mdb.mdb_tools) (class in bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools) EntityValidator.InvalidAttributeError, [1] EntityValidator.MissingAttributeError, [1] error (bento_meta.util._engine._engine attribute)

F

f() (in module bento_meta.util.makeq)

ftindexes (bento_meta.mdb.searchable.SearchableMDB attribute) (bento_meta.mdb.SearchableMDB attribute)

G

get() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) get_attr_dict() (bento_meta.entity.Entity method) get_attr_q() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) get_by_id() (bento_meta.entity.Entity method) (bento_meta.object_map.ObjectMap method) get_by_id_q() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) get_by_node_nanoid() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) get_by_node_nanoid_q() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) get_concept_nanoids_linked_to_entity() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) get_entities_by_tag() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_entity_nanoid() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) get_key_prop() (bento_meta.objects.Node method) get_label() (bento_meta.entity.Entity method) get_latest_version() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_model_handles() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_model_info() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_model_nodes() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_model_nodes_edges() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_model_versions() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_node_and_props_by_node_id() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_node_edges_by_node_id() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_nodes_and_props_by_model() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_nodes_by_model() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_or_make_entity_nanoid() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method)

get_origin_by_id() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_origins() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_owners() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) get_owners_q() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) get_potential_term_synonyms() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) get_predicate_nanoids() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) get_prop_node_and_domain_by_prop_id() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_property_parents() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) get_property_synonyms_all() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) get_property_synonyms_direct() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) get_props_and_terms_by_model() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_q() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) get_relationship_between_entities() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) get_tags_and_values() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_tags_for_entity_by_id() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_term_by_id() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_term_nanoids() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) get_valueset_by_id() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_valuesets_by_model() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) get_with_statement() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method)

H

handle (bento_meta.model.Model attribute) (edge attribute) (node attribute) (predicate attribute) (property attribute) (term attribute)

I

is_deprecated (property attribute) is_external (origin attribute) is_key (property attribute) is_nullable (property attribute)

is_required (edge attribute) (property attribute) is_strict (property attribute) item_domain (property attribute)

K

key (bento_meta.util._engine._engine attribute) (tag attribute)

keys_by_cls_and_reln() (bento_meta.object_map.ObjectMap class method)

L

latest_version (bento_meta.mdb.MDB attribute) (bento_meta.mdb.mdb.MDB attribute) link_concepts_via_predicate() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) link_synonyms() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) link_term_synonyms_csv() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) load_mdf() (in module bento_meta.mdb) (in module bento_meta.mdb.loaders)

load_model() (in module bento_meta.mdb) (in module bento_meta.mdb.loaders) load_model_statements() (in module bento_meta.mdb) (in module bento_meta.mdb.loaders) load_paths() (bento_meta.util.makeq.Query class method) log_file_path (in module bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools) log_ini_path (in module bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools) logger (in module bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools)

M

make_nanoid() (in module bento_meta.mdb) (in module bento_meta.mdb.mdb) maps (bento_meta.object_map.ObjectMap attribute) mapspec() (bento_meta.entity.Entity class method) mapspec_ (bento_meta.entity.Entity attribute) (bento_meta.objects.Concept attribute) (bento_meta.objects.Edge attribute) (bento_meta.objects.Model attribute) (bento_meta.objects.Node attribute) (bento_meta.objects.Origin attribute) (bento_meta.objects.Predicate attribute) (bento_meta.objects.Property attribute) (bento_meta.objects.Tag attribute) (bento_meta.objects.Term attribute) (bento_meta.objects.ValueSet attribute) mdb (bento_meta.model.Model property) MDB (class in bento_meta.mdb) (class in bento_meta.mdb.mdb) MDFProtocol (class in bento_meta.mdb.loaders) merge_two_concepts() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) mergespec() (in module bento_meta.objects) model (bento_meta.mdb.loaders.MDFProtocol attribute)

Model (class in bento_meta.model) (class in bento_meta.objects) model (edge attribute) (node attribute) (property attribute) models (bento_meta.mdb.MDB attribute) (bento_meta.mdb.mdb.MDB attribute) module bento_meta bento_meta.entity bento_meta.mdb bento_meta.mdb.loaders bento_meta.mdb.mdb bento_meta.mdb.mdb_tools bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools bento_meta.mdb.searchable bento_meta.mdb.writeable bento_meta.model bento_meta.object_map bento_meta.objects bento_meta.util bento_meta.util._engine bento_meta.util.makeq multiplicity (edge attribute)

N

name (origin attribute) nanoid (edge attribute) (Entity.entity attribute) (node attribute) (origin attribute) (property attribute) (term attribute)

neoid (bento_meta.entity.Entity attribute) Node (built-in class) (class in bento_meta.objects) nodes (bento_meta.model.Model attribute)

O

object (predicate attribute) object_map (bento_meta.entity.Entity property) ObjectMap (class in bento_meta.object_map) Origin (built-in class) (class in bento_meta.objects) origin (term attribute) origin_definition (term attribute)

origin_id (term attribute) origin_name (term attribute) origin_version (term attribute) owner (bento_meta.entity.CollValue attribute) (bento_meta.entity.CollValue property) owner_key (bento_meta.entity.CollValue attribute) (bento_meta.entity.CollValue property)

P

P (in module bento_meta.mdb.mdb) (in module bento_meta.mdb.writeable) params (bento_meta.util._engine._engine attribute) (bento_meta.util.makeq.Query property) parse() (bento_meta.util._engine._engine method) password (bento_meta.mdb.MDB attribute) (bento_meta.mdb.mdb.MDB attribute) path_id (bento_meta.util._engine._engine attribute) (bento_meta.util.makeq.Query property) paths (bento_meta.util._engine._engine attribute) (bento_meta.util.makeq.Query attribute) pattern (property attribute) potential_synonyms_to_csv() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) Predicate (built-in class) (class in bento_meta.objects)

Property (built-in class) (class in bento_meta.objects) props (bento_meta.model.Model attribute) (edge attribute) (node attribute) put() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) put_attr_q() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) put_q() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) put_term_with_origin() (bento_meta.mdb.writeable.WriteableMDB method) (bento_meta.mdb.WriteableMDB method) put_with_statement() (bento_meta.mdb.writeable.WriteableMDB method) (bento_meta.mdb.WriteableMDB method) pvt (bento_meta.entity.Entity attribute) pvt_attr (bento_meta.entity.Entity attribute) (bento_meta.objects.Property attribute)

Q

Query (class in bento_meta.util.makeq)

query_index() (bento_meta.mdb.searchable.SearchableMDB method) (bento_meta.mdb.SearchableMDB method)

R

read_txn() (in module bento_meta.mdb) (in module bento_meta.mdb.mdb) read_txn_data() (in module bento_meta.mdb) (in module bento_meta.mdb.mdb) read_txn_value() (in module bento_meta.mdb) (in module bento_meta.mdb.mdb) register_txfn() (bento_meta.mdb.MDB method) (bento_meta.mdb.mdb.MDB method) remove_entity_from_mdb() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) removed_entities (bento_meta.entity.Entity property) (bento_meta.model.Model attribute)

repository (bento_meta.model.Model attribute) required_attrs_by_entity_type (bento_meta.mdb.mdb_tools.EntityValidator attribute) (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.EntityValidator attribute) rm() (bento_meta.entity.Entity method) (bento_meta.object_map.ObjectMap method) rm_attr_q() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) rm_edge() (bento_meta.model.Model method) rm_node() (bento_meta.model.Model method) rm_prop() (bento_meta.model.Model method) rm_q() (bento_meta.object_map.ObjectMap method) rm_term() (bento_meta.model.Model method)

S

search_entity_handles() (bento_meta.mdb.searchable.SearchableMDB method) (bento_meta.mdb.SearchableMDB method) search_terms() (bento_meta.mdb.searchable.SearchableMDB method) (bento_meta.mdb.SearchableMDB method) SearchableMDB (class in bento_meta.mdb) (class in bento_meta.mdb.searchable) set_paths() (bento_meta.util._engine._engine class method) (bento_meta.util.makeq.Query class method)

set_with_dict() (bento_meta.entity.Entity method) set_with_entity() (bento_meta.entity.Entity method) set_with_node() (bento_meta.entity.Entity method) src (edge attribute) statement (bento_meta.util._engine._engine attribute) (bento_meta.util.makeq.Query property) subject (predicate attribute)

T

T (in module bento_meta.mdb.mdb) Tag (built-in class) (class in bento_meta.objects) tags (Entity.entity attribute) Term (built-in class) (class in bento_meta.objects) terms (bento_meta.model.Model attribute) (bento_meta.objects.Property property) (concept attribute)

toks (bento_meta.util.makeq.Query attribute) ToolsMDB (class in bento_meta.mdb.mdb_tools) (class in bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools) ToolsMDB.EntityNotFoundError, [1] ToolsMDB.EntityNotUniqueError, [1] ToolsMDB.PatternNotFoundError, [1] ToolsMDB.PatternNotUniqueError, [1] triplet (bento_meta.objects.Edge property)

U

units (property attribute) uri (bento_meta.mdb.MDB attribute) (bento_meta.mdb.mdb.MDB attribute) (bento_meta.model.Model attribute)

url (origin attribute) use_params (bento_meta.util._engine._engine attribute) user (bento_meta.mdb.MDB attribute) (bento_meta.mdb.mdb.MDB attribute)

V

valid_attrs (bento_meta.mdb.mdb_tools.EntityValidator attribute) (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.EntityValidator attribute) validate_entities_unique() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) validate_entity() (bento_meta.mdb.mdb_tools.EntityValidator static method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.EntityValidator static method) validate_entity_has_attribute() (bento_meta.mdb.mdb_tools.EntityValidator static method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.EntityValidator static method) validate_entity_unique() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method) validate_pattern_unique() (bento_meta.mdb.mdb_tools.mdb_tools.ToolsMDB method) (bento_meta.mdb.mdb_tools.ToolsMDB method)

value (tag attribute) (term attribute) value_domain (property attribute) value_set (property attribute) value_types (bento_meta.objects.Property attribute) values (bento_meta.objects.Property property) ValueSet (class in bento_meta.objects) version (bento_meta.model.Model attribute) (edge attribute) (node attribute) (property attribute)

W

write_txn() (in module bento_meta.mdb.writeable)

WriteableMDB (class in bento_meta.mdb) (class in bento_meta.mdb.writeable)